Klęski Prus i Austrii w zmaganiu z napoleońską Francją przyniosły wprawdzie obu dumnym państwom upokorzenia, jakich nie doznawały od wieków (królowa Luiza, żona Fryderyka Wilhelma III pisała ze znaczną przesadą, że upadła budowla, nad której wznoszeniem wielcy ludzie pracowali przez dwa wieki), niemniej zapoczątkowały szereg reform, których zapewne nigdy by nie było, gdyby właśnie nie zagrożenie francuskie.
W Prusach istotną rolę odegrał polityk o niepruskim pochodzeniu, baron Karl vom Stein; stając w 1807 roku na czele rządu zniósł poddaństwo chłopów, cofnął zakaz zajmowania się rzemiosłem i handlem przez szlachtę, wprowadził samorządy miejskie, w których istotne funkcje sprawowali mieszczanie. Stein uwikłał się jednak w przygotowywanie antynapoleońskiego spisku i gdy Francuzi go odkryli, zażądali od Prus wyższej kontrybucji i poważnej redukcji armii.
Po wymuszonej dymisji Steina (który zbiegł do Rosji) jego następcą został Karl August Hardenberg. Nosił już tytuł kanclerza, zaś jego zasługą stało się uwłaszczenie chłopów i ostateczne zniesienie pańszczyzny. W tej radykalnej reformie stosunków własnościowych na wsi niemieckiej można widzieć ducha demokratycznego, odpowiadającego ideałom rewolucji francuskiej, niemniej jest także faktem, że oparcie nie- mieckiego rolnictwa na sile robotników najemnych spowodowało upadek wielu, zwłaszcza słabszych, folwarków. Reformy objęły armię - dumę zarówno Prus, jak i Austrii. W wojsku pruskim najistotniejsze zmiany były zasługą generała Gerharda Scharnhorsta, wywodzącego się z księstwa Schaumburg-Lippe. Jest to o tyle istotne, że w niewielkim tym państewku służba wojskowa była powszechna, nie wolno było jednak żołnierzy bić i poniżać (co zdarzało się na co dzień w Prusach).
Sam Scharnhorst pochodził ze społecznych nizin i w armii pruskiej traktowano go pogardliwie. W obliczu kolejnych klęsk sławnej armii zgodzono się jednak na proponowane przez niego zmiany: odtąd awans stawał się możliwy niezależnie od pochodzenia społecznego, zaś skrócenie czasu służby sprawiło, że armia stała się bardziej "otwarta" na społeczeństwo i demokratyczna. Nie powiodło się jednak całkowite wprowadzenie służby powszechnej (wprowadził ją dopiero gen. Hermann von Boyen w 1814 roku). Za czasów Scharnhorsta, który od 1807 był ministrem wojny, w sztabie pojawili się ludzie młodzi i energiczni, m.in. Karl von Clausewitz, późniejszy sławny teoretyk wojny czy Georg von Grolman oraz August von Gneisenau, późniejszy marszałek. Niestety, intrygi sprawiły, że Scharnhorst już w 1810 roku został - nie bez nacisków francuskich - usunięty ze stanowiska, a jego współpracownicy przeszli na służbę innych państw (np. Clausewitz i Boyen). Głębokim zmianom podlegało również niemieckie szkolnictwo, będące przez długie lata synonimem zacofania - i to zarówno w obszarze nauczania podstawowego, jak uniwersyteckiego.
Na polecenie Steina reformy podjął się w 1809 roku Wilhelm von Humboldt (1767-1835), przyjaciel i współpracownik Schillera i Goethego, uczeń Joachima Heinricha Campego (1746-1818), autora projektu reform szkolnych w Brunszwiku, opartych na ideałach oświeceniowych (Campe był m.in. zwolennikiem szkół zawodowych, tzw. Industrieschulen). Humboldt, prawnik, polityk i językoznawca-amator (niektóre jego pomysły, dotyczą- ce m.in. pochodzenia języków naturalnych, przetrwały w koncepcjach lingwistycznych do XX wieku), mający opinię kosmopolity (Weltbürger), okazał się zdeklarowanym zwolennikiem szkoły po pierwsze powszechnej i państwowej, po drugie zaś - narodowej, w której istotną rolę odgrywały historia, geografia i język ojczysty.
Przyjaźnie z kręgiem weimarskim oraz liczne podróże sprawiły, że pragnął on związać model kształcenia z tradycjami europejskimi, m.in. z kulturą antyczną: w programie gimnazjalnym (szkoły tego typu, o profilu humanistycznym, zwano długo humboldtowskimi) ważną rolę odgrywało studiowanie greki i łaciny, związane także z refleksją o typie starożytnej kultury, życiu społecznym, cechach wrażliwości artystycznej wynikających z właściwości języka (poglądy na te relacje zawarł Humboldt w dziele Über die Verschiedenheit des menschlichen Sprachbaues und ihren Einfluß auf die geistige Enwicklung des Menschengeschlechts (O rozmaitości budowy ludzkich języków i ich wpływie na rozwój ras ludzkich, 1836-1840).
Z całą pewnością tego typu zainteresowania Wilhelma Humboldta rozwijały się pod wpływem dokonań jego młodszego o dwa lata brata, Aleksandra (1769-1859), sławnego podróżnika, geologa i przyrodnika, jednego z pionierów badań ekologii środowisk wodnych w Ameryce Środkowej (od jego nazwiska nazwano m.in. zimny prąd oceaniczny, opływający z południa na południowy zachód Amerykę Południową), a także gorącego orędownika w sprawie Polaków zesłanych na Syberię (w 1829 roku odbył podróż do Rosji).
Olbrzymią zasługą braci Humboldtów jest jednak gruntowna przebudowa koncepcji wyższych uczelni niemieckich, które do czasów podjętych przez Wilhelma reform podporządkowane były wyłącznie zadaniom dydaktycznym; problemy badawcze odsuwano na plan dalszy, pozostawiając je poniekąd indywidualnym "pasjom" poszczególnych uczonych. Wyjątkiem był tu uniwersytet w Getyndze, gdzie w połowie XVIII w. pod naciskiem środowisk naukowych zaczęto badania w zakresie nauk podstawowych i przyrodniczych (nieco później podobnie postąpiono w Jenie i Halle).
Wilhelm Humboldt, absolwent Getyngi (ukończył tam prawo) postanowił rozwiązania ze swej macierzystej uczelni przenieść do stolicy państwa pruskiego. Dzięki jego determinacji w 1810 roku w Berlinie utworzono bardzo nowoczesny uniwersytet (do dziś nosi imię swego założyciela), gdzie w bardzo umiejętny sposób łączono zadania edukacyjne z badawczymi (m.in. studenci wyższych lat byli angażowani do eksperymentów, powierzano im też pewną część zajęć z młodszymi kolegami). "Humboldtowskie" reformy szkolne odpowiadały rodzącemu się nowemu duchowi Niemców, bardziej nowoczesnym definicjom narodu, kultury, języka opartym na indywidualizacji doświadczenia i odejściu od uniwersalizującej magii rozumu, którą pozostawiło po sobie oświecenie.