Po otwierającej poemat pochwale Nerona, Lukan przedstawia przyczyny wojny, opisuje przejście Cezara przez Rubikon i trwogę, jaka ogarnia Rzym na wieść o jego marszu; szereg znaków (omina) zapowiada zbliżający się konflikt. W księdze wspomnienie czasów Sulli uświadamia Rzymianom, czym grozi wojna Cezara z Pompejuszem; Kato i Brutus w długiej nocnej dyskusji rozważają swoje powinności względem państwa i ostatecznie decydują się wesprzeć Pompejusza; tymczasem Cezar wypiera wojska tego ostatniego z Italii.
Duch zmarłej żony, Julii, przestrzega Pompejusza przed grożącym mu nieszczęściem; Cezar tymczasem zajmuje Rzym i mimo oporu młodego Metellusa opanowuje skarbiec; Pompejusz zbiera sprzymierzeńców, zaś w porcie Marsylii dochodzi do bitwy morskiej z oblegającymi miasto okrętami Cezara (księga III).
Wojska Cezara odnoszą sukcesy w Hiszpanii; w Afryce Kurion ginie w starciu z oddziałami Numidów (księga IV).
W Epirze zbiera się senat; pompejańczyk Appiusz radzi się wyroczni delfickiej, ale jej odpowiedź jest mocno niejasna; Cezar powoli podąża za wojskiem Pompejusza, tymczasem ten ostatni odwozi swoją żonę, Kornelię, na wyspę Lesbos (księga V).
Oblężenie Dyrrachium i bohaterskie czyny centuriona Scewy, walczącego po stronie Cezara; wojska obydwu wodzów przybywają do Tessalii, gdzie syn Pompejusza, Sekstus, udaje się po radę do wiedźmy Erichto (tu długi opis praktyk nekromantycznych); wskrzeszony przez nią żołnierz zapowiada klęskę pompejańczyków (księga VI).
Bitwa pod Farsalos; zwycięstwo Cezara i ucieczka Pompejusza; złowróżbne sny niepokoją zwycięzcę (księga VII).
Pokonany wódz spotyka się z żoną i towarzyszami; Lentulus kategorycznie sprzeciwia się szukaniu pomocy u Partów i uciekinierzy udają się do Egiptu, gdzie zdrada Ptolemeusza przynosi śmierć Pompejusza (księga VIII).
Przejąwszy dowództwo nad armią republikanów, Katon prowadzi żołnierzy przez piaski Libii. Tymczasem przybyły do Egiptu Cezar, któremu Ptolemeusz darowuje głowę Pompejusza, okazuje udane niezadowolenie ze śmierci przeciwnika (księga IX).
Cezar w Egipcie odwiedza grób Aleksandra Wielkiego i oddaje się ucztom w towarzystwie Kleopatry; tymczasem w Aleksandrii wybuchają zamieszki... (księga X).