Podczas pierwszej elekcji kandydatów do tronu Jagiellonów było wielu, jednak najpoważniejszymi byli arcyksiążę austriacki Ernest (syn cesarza Maksymiliana II) i Henryk Walezy (brat króla Francji, Karola IX). Ostatecznie wybrano Henryka (1573), pod warunkiem zaprzysiężenia praw i przywilejów Rzeczypospolitej oraz złożenia określonych doraźnych zobowiązań. Pierwszy z tych aktów, nazywany artykułami henrykowskimi, był potwierdzanym każdorazowo przez kolejnych elektów przyrzeczeniem gwarantującym najważniejsze zasady ustrojowe. Drugi, czyli tzw. pacta conventa, był swego rodzaju programem politycznym każdego nowego króla, określającym jego osobiste zobowiązania.
Henryk Walezy nie rządził długo. Po nieco ponad rocznym pobycie w Polsce, w nocy z 18 na 19 VI 1574 r. potajemne wyjechał do Francji, by objąć tam tron po zmarłym bracie. Po trwającym rok bezskutecznym oczekiwaniu na jego powrót odbyła się druga elekcja. Doszło na niej do zdecydowanego podziału i wyboru dwóch elektów. Zwolennicy Habsburgów wybrali cesarza Maksymiliana II, a niechętna im większość szlachecka ogłosiła królem Annę Jagiellonkę (52-letnią siostrę Zygmunta Augusta), wyznaczając jej męża i przyszłego faktycznego władcę w osobie księcia siedmiogrodzkiego, Stefana Batorego. Ten ostatni szybko opanował Kraków i koronował się na króla Polski (1576).
Nowy monarcha był zwolennikiem silnej władzy, toteż rządy swe oparł nie na szlachcie, ale wąskiej grupie oddanych współpracowników z Janem Zamoyskim na czele (kanclerzem od 1578, hetmanem wielkim koronnym od 1580). Zresztą szlachecki ruch egzekucyjny, zrealizowawszy część swojego programu, stopniowo wygasał. Ostatnim jego sukcesem było powołanie w 1578 r. Trybunału Koronnego, najwyższego sądu rozpatrującego apelacje od wyroków niższych sądów szlacheckich (dotąd rolę tę pełnił sąd królewski). Odpowiedni Trybunał Litewski powołano w 1581 r.
Już na samym początku swojego panowania musiał król Stefan toczyć wojnę z nie chcącym uznać jego władzy Gdańskiem. Konflikt skończył się kompromisem. Gdańsk poddał się władzy Batorego i wypłacił mu 200 tys. złotych kontrybucji, uzyskując w zamian zniesienie niekorzystnych dla miasta statutów Karnkowskiego (ustaw zwiększających władzę królewską nad Gdańskiem, sformułowanych w 1570 r. przez komisję biskupa kujawskiego, Stanisława Karnkowskiego).
Po uporaniu się z Gdańskiem Stefan Batory podjął działania przeciw Moskwie. Ta bowiem, wykorzystując bezkrólewie w Rzeczypospolitej, w latach 1575-77 zajęła prawie całe Inflanty z wyjątkiem Rygi i Rewla. Dzięki poparciu szlachty udało się królowi zorganizować trzy wyprawy na ziemie rosyjskie, podczas których zdobyto Połock (1579), Wielkie Łuki, Chołm i Woroniec (1580) oraz oblężono Psków (1581). Podczas walk o tę twierdzę zawarto w 1582 r. 10-letni rozejm w Kiwerowej Horce pod Jamem Zapolskim. Na jego mocy Rzeczpospolita objęła całe Inflanty (Estonia pozostała przy Szwecji, Ozylia i Dagö przy Danii), a Litwa odzyskała ziemię połocką i Wieliż. Po zakończeniu zmagań z Moskwą Batory snuł plany wojny koalicyjnej z Turcją, ale przerwała je jego śmierć w 1586 r.