W listopadzie gen. J.H. Dąbrowski podpisał nową konwencję z utworzoną przez Bonapartego Republiką Cisalpińską powstałą z połączenia Republik: Lombardzkiej i Cispadańskiej. Miała ona charakter „umowy międzynarodowej”, podkreślała polskie i narodowe oblicze Legionów i stała się – mimo nieratyfikowania jej przez parlament Republiki – podstawą dalszej egzystencji polskiego wojska, które nazywano odtąd Korpusem Polskim Posiłkowym Rzeczypospolitej Cisalpińskiej. W maju 1798 r. Napoleon wyruszył do Egiptu, a w wyprawie tej udział wzięła jedynie mała grupka polskich oficerów i ochotników, podczas gdy reszta uczestniczyła w tym czasie w okupacji Państwa Kościelnego, przekształconego ostatecznie w Republikę Rzymską. Ważnym wydarzeniem w dziejach Legionów stało się wówczas wkroczenie Dąbrowskiego do Wiecznego Miasta.Zawiązanie drugiej koalicji antyfrancuskiej, do której przystąpił m.in. Neapol, wywołało nowe walki na terenie Włoch. Ferdynand IV, król Neapolu i Sycylii, nie czekając na pomoc rosyjską wszczął działania wojenne. 60-tysięczna armia neapolitańska pod dowództwem gen. Karola Macka wkroczyła 29 listopada 1798 r. do Rzymu, skąd wycofały się wojska gen. Jeana Championneta, osłaniane przez żołnierzy I Legii Polskiej. W następnych dniach Francuzi zatrzymali jednak Macka, a rozstrzygający udział w zwycięskiej bitwie francuskiej „armii rzymskiej” pod Civita Castellana miała I Legia dowodzona przez gen. Karola Kniaziewicza, która śmiałym atakiem rozbiła prawe skrzydło armii neapolitańskiej. Ścigając nieprzyjaciela, Polacy sforsowali wąwóz Terraciny i wymusili kapitulację dobrze uzbrojonej twierdzy Gaety, co przesądziło o losach wojny. Karol Kniaziewicz został awansowany przez Championneta na (cisalpiński) stopień gen. brygady, a następnie – w uznaniu zasług położonych w wojnie neapolitańskiej – z polecenia dowództwa francuskiego wręcza Dyrektoriatowi 35 zdobytych podczas kampanii sztandarów. Dyrektoriat nagrodził go szablą honorową z napisem na pochwie: Le Directoire exécutif au général polonais Kniaziewitz oraz inkrustowanymi pistoletami (co stanowiło odpowiednik późniejszej Legii Honorowej, wprowadzonej przez Napoleona 19 maja 1802 r.). Ekspansja francuska we Włoszech osiągnęła szczyt w marcu 1799 r., ale wówczas do walki przystąpili Austriacy i Rosjanie. Wojna przybrała obrót niekorzystny dla Francuzów. Pod Weroną i pod Magnano pobity został broniący linii rzeki Adygi dowódca „armii włoskiej”, gen. Barthelemy Scherer, a ciężkie straty poniosła w tych bitwach II Legia Polska, której stan osobowy zmalał do około 1000 żołnierzy. Resztki batalionów polskich pod dowództwem gen. Wielhorskiego osłaniały odwrót w kierunku Mantui i weszły w skład załogi tej twierdzy, obleganej od 11 kwietnia przez wojska austriacko-rosyjskie. Przyjmując warunki kapitulacji Mantui, jej komendant, gen. Philippe-François de Latour-Foissac zastrzegł swobodny wymarsz dla wojsk francuskich, lecz nie zapewnił go legionistom służącym wcześniej w wojsku austriackim. Zostali oni potraktowani jak dezerterzy, upokorzeni chłostą przez zwycięzców i wcieleni w szeregi armii austriackiej. Kolumnę idących do niewoli oficerów fran cuskich i polskich poprowadził do Austrii – z polecenia francuskiego dowództwa – gen.Wielhorski. Wojska koalicji opanowały Lombardię, a armia rosyjska Aleksandra Suworowa pokonała w krwawej, trzydniowej bitwie nad rzeką Trebbią francuską armię gen. Aleksandra Macdonalda. Na lewym skrzydle wojsk francuskich, dowodzonym przez gen. Dąbrowskiego walczyli żołnierze I Legii. Polacy ponieśli duże straty: kilkuset zabitych i wziętych do niewoli (w tym szef I Legii, Michał Forestier i większość oficerów III batalionu). Lekko ranny został sam Dąbrowski, a w walce wyróżnił się szef II batalionu Józef Chłopicki. Dalsze straty przyniosły bitwy pod Novi i Bosco, gdzie znów ranny został Dąbrowski, a życie zawdzięczał umieszczonemu na piersi tomikowi Historii wojny 30-letniej Friedricha Schillera, w którym ugrzęzła kula karabinowa. Jesienią pod bronią pozostało jedynie 800 legionistów.