Działalność Komisji Edukacji Narodowej została przerwana przez trzeci rozbiór Polski. Jednak jej dzieło na trwałe zapisało się w pamięci potomnych i przy każdej nadarzającej się okazji, kiedy próbowano odbudować polskie szkolnictwo, nawiązywano do jej tradycji. Idee KEN w dziedzinie kształcenia i wychowania przez długie lata wpływały także na działalność oświatową w trzech zaborach. Po upadku Rzeczypospolitej sytuacja szkolnictwa polskiego w poszczególnych zaborach była zróżnicowana. Najkorzystniejsza była początkowo w zaborze rosyjskim, gdzie przetrwało szkolnictwo jezuickie (Katarzyna II nie uznała kasaty zakonu). Jezuici realizowali dawne programy nauczania, starając się jednak nakłaniać szlachtę do uległości wobec zaborcy. Na obszarach, które przyłączono do Rosji w drugim i trzecim zaborze działały szkoły zreformowane przez KEN. Ich sytuacja była znacznie gorsza, gdyż traktowano je jako ośrodki liberalizmu i jakobinizmu, niebezpiecznego dla władzy carskiej, stąd też pojawiły się tendencje do ograniczania ich samodzielności i oddawania pod opiekę zakonów.
Wstąpienie na tron Aleksandra I (1801) zapoczątkowało okres względnej swobody i liberalnej polityki oświatowej. Pod wpływem, polskich doradców – Adama Jerzego Czartoryskiego i Seweryna Potockiego – na grunt rosyjski przeszczepiono wiele rozwiązań wypracowanych przez KEN. W 1802 r. powołano Ministerstwo Oświaty, a w 1804 roku kraj podzielono na 6 okręgów szkolnych pod zwierzchnością uniwersytetów. Ziemie polskie wyodrębniono w oddzielny okręg wileński, którego kuratorem został Czartoryski. Centrum życia naukowego stanowiła Szkoła Główna Litewska, która wznowiła działalność w 1797 r., a w 1804 r. została przekształcona w uniwersytet. Uczelnia uzyskała szeroką autonomię, co umożliwiło jej szybki rozwój naukowy, a zarazem dało symptom do rozwoju polskiego szkolnictwa. Dzięki staraniom Czartoryskiego w Wilnie znalazło się grono wybitnych profesorów, wśród nich Hieronim Stroynowski, Jan i Jędrzej Śniadeccy, Joachim Lelewel, Stanisław Jundziłł, Euzebiusz Słowacki, Piotr Franka. Szczytowy okres rozwoju Uniwersytetu Wileńskiego przypada na lata 1815-24, kiedy to liczba studentów uległa podwojeniu.
Uniwersytet stał się także kolebką dążeń niepodległościowych, które propagowały tajne organizacje młodzieżowe. Uczelnia wywiązywała się także wzorowo z funkcji kierowania i nadzoru nad szkolnictwem średnim i parafialnym. Obszar jurysdykcji uniwersyteckiej obejmował 5 gubernii (wileńską, grodzieńską, mińską, witebską i mohylewską) nad trzema zaś guberniami południowymi (wołyńską, podolską, kijowską) uniwersytet sprawował nadzór poprzez wizytatora, którym był Tadeusz Czacki. Dzięki staraniom władz uniwersyteckich w każdym mieście gubernialnym powołano gimnazjum, a w miastach powiatowych szkoły podstawowe. W pozostałych miejscowościach tworzono szkoły parafialne. Chlubną kartę w dziejach oświaty polskiej na terenie południowych gubernii zapisał także wspomniany Czacki. Pod jego kierownictwem znalazł się obszar o bardzo słabo rozwiniętym szkolnictwie. Korzystając z pomocy Hugona Kołłątaja, który przebywał na Wołyniu, przystąpił Czacki do gruntownej reformy programów nauczania i zagęszczenia sieci szkolnej. Podstawą tych działań była ustawa carska z 1807 r. o zakładaniu szkół parafialnych, która wprowadzała obowiązek szkolny, przy zbyt małej liczbie szkół niemożliwy do zrealizowania. Co prawda brak środków uniemożliwił organizację gimnazjów i szkół podstawowych we wszystkich przewidzianych do tego miastach, ale udało się Czackiemu zorganizowanie – gimnazjum w Krzemieńcu (uznanego jako Liceum Krzemienieckie).
Szkolnictwo polskie w zaborze pruskim od samego niemal początku poddane było germanizacji. Najtrudniejsza sytuacja w tym względzie była na Śląsku, który znalazł się w obrębie Prus już w 1763 r. Fryderyk II zaraz po aneksji Śląska wprowadził tu obowiązek szkolny i surowe sankcje za jego nieprzestrzeganie. Obowiązkowa szkoła niemiecka stała się uciążliwa dla ludności polskiej nie znającej tego języka i przejawiającej wrogość wobec prób germanizacji. W dodatku skąpa sieć szkolna i brak nauczycieli posługujących się niemieckim, utrudniały realizację obowiązku szkolnego. Rodziło to jawny opór ludności polskiej i sprzyjało rozwojowi tajnej oświaty, ruchu wydawniczego w zakresie literatury szkol nej i fachowych wydawnictw pol skich. W dobie wojen napoleońskich procesy germanizacyjne na Śląsku znacznie osłabły. Na pozostałych terenach szkoły polskie działały początkowo swobodnie, budząc uznanie władz pruskich stopniem organizacji i poziomem nauczania.
Początki germanizacji szkolnictwa polskiego wiążą się z objęciem tronu przez Fryderyka Wilhelma III. W pierwszej kolejności ograniczono liczbę szkół średnich, przy jednoczesnej rozbudowie szkolnictwa elementarnego, mającego być narzędziem germanizacji ludności chłopskiej i mieszczaństwa. Wojny napoleońskie i liberalna polityka Aleksandra I wpłynęły na zaniechanie planów bezwzględnej germanizacji i zgodnie z sugestią wizytatora szkolnego Jana Samuela Bandtkiego na terenach zamieszkanych przez ludność polską dopuszczono istnienie polskich szkół. Wyrazem zmiany kursu politycznego było zezwolenie na utworzenie w Warszawie Towarzystwa Przyjaciół Nauk (1800), które za jeden z głównych celów swej działalności stawiało utrzymanie języka polskiego.
W 1804 r. staraniem Towarzystwa utworzono królewskie Liceum Warszawskie, o rozbudowanym programie kształcenia obejmującym kurs handlowy i seminarium nauczycielskie. Szkoła swój największy rozkwit przechodziła pod kierunkiem Samuela Bogumiła Lindego. Jako najwyżej zorganizowana uczelnia objęła opiekę nad całym szkolnictwem warszawskim. W najcięższej sytuacji znalazło się szkolnictwo polskie pod zaborem austriackim, gdzie od samego początku poddano je ostrej germanizacji. Szkolnictwo średnie zostało poddane ścisłej kontroli władz państwowych, a programy nauczania upodobniono do programów austriackich. Surowa dyscyplina i nadzór nad młodzieżą miały wyrabiać lojalność i posłuszeństwo przyszłych urzędników państwowych.
W 1784 r. zmniejszono liczbę gimnazjów w Galicji z 15 do 9, co spowodowane było także zacofaniem gospodarczym kraju. Bardzo niski poziom kształcenia, przestarzałe metody, konserwatywne programy – to charakterystyczne cechy szkolnictwa galicyjskiego. Przygnębiającego obrazu szkolnictwa na tym terenie nie zmieniło powstanie w 1784 r. uniwersytetu we Lwowie, którego poziom nauczania pozostawiał wiele do życzenia. W wyniku trzeciego rozbioru w obrębie Austrii znalazł się Kraków. Tamtejszy uniwersytet został jednak pozbawiony roli, jaką pełnił w stosunku do szkolnictwa niższych szczebli w czasach KEN. Wprowadzono wykłady w języku niemieckim, zdecydowano jednak pozostawić go jako jedyny uniwersytet w Galicji, stąd też w 1805 r. zlikwidowano uniwersytet we Lwowie.
W ciężkiej sytuacji znalazło się także szkolnictwo elementarne. Zgodnie z reformą Marii Teresy od 1774 r. szkoły elementarne dzieliły się na trywialne (na wsi, o bardzo zawężonym programie) i główne (w miastach, o bardziej ogólnokształcącym charakterze). Wprowadzono w Galicji obowiązek szkolny, ale ze względu na brak szkół nie był on przestrzegany, a w dodatku część konserwatywnego społeczeństwa nie przejawiała zainteresowania rozwojem oświaty, w czym utwierdzała je równie obojętna postawa władz państwowych. Szkoła elementarna miała się stać narzędziem germanizacji i wyrabiania wiernopoddańczych postaw. Nie wszędzie było to realizowane, zwłaszcza na wsiach, gdzie brakowało nauczycieli znających język niemiecki. Z tego powodu w ustawie z 1805 r. dopuszczano na wsiach nauczanie w języku polskim. Ustawa ta przyczyniła się także do zmiany programów nauczania w gimnazjach poprzez wprowadzenie w większym stopni przedmiotów matematyczno-przyrodniczych.