Po rozbiorach nastawieni najbardziej patriotycznie Polacy w większości znaleźli się na emigracji. W kraju pozostała nieliczna grupa nadal aktywnych politycznie działaczy z okresu Sejmu Wielkiego i powstania kościuszkowskiego. Podejmowali oni próby podtrzymywania ducha narodowego zarówno poprzez zakładanie legalnych stowarzyszeń kulturalnych i naukowych, jak i organizowanie tajnych związków niepodległościowych.
Legalny charakter miało założone z inicjatywy Stanisława Sołtyka w 1800 r. w Warszawie Towarzystwo Przyjaciół Nauk, pierwsza tego typu organizacja na ziemiach polskich, skupiająca zarówno zawodowych uczonych, jak i amatorów. Wśród założycieli znaleźli się m.in. biskup Jan Albertrandi (pierwszy prezes), Tadeusz Czacki, Samuel Bogumił Linde, Stanisław Kostka Potocki, Stanisław Staszic, Józef Kalasanty Szaniawski, Jan Paweł Woronicz. Celem Towarzystwa było przykładać się do rozszerzenia nauk i umiejętności w polskim języku.
Prace prowadzono w trzech działach: matematycznym, filozoficznym oraz historii literatury. Wśród zadań statutowych, prócz wydawania nowych dzieł naukowych, podkreślono konieczność pracy nad przekładami klasyki oraz wznowień ważniejszych pozycji dawnych autorów polskich. Długoletnim przewodniczącym Towarzystwa był Staszic, który z własnych funduszy wystawił dlań okazały pałac przy Krakowskim Przedmieściu (Pałac Staszica). Przed swoim rozwiązaniem w 1832r. organizacja skupiała ponad 200 członków. Próby konspiracyjnych działań niepodległościowych podjęto bezpośrednio po upadku państwa.
W styczniu 1797 r. w Krakowie podpisano tajny akt konfederacji, zwanej Centralizacją Lwowską, która była pierwszą ogólnopolską organizacją spiskową na ziemiach polskich po III rozbiorze, stawiającą sobie za cel wznowienie walki o niepodległość z pomocą Francji. Na czele spisku stało – kierowane przez Wiktoryna Waleriana Dzieduszyckiego – Zgromadzenie Centralne, mające swoją siedzibę we Lwowie, a utrzymujące ścisłe kontakty z paryską Deputacją, uznawaną za legalną władzę polską na wychodźstwie. Wspierano też finansowo tworzone we Włoszech Legiony Polskie.
Do wybitnych działaczy Centralizacji należeli: Pius Raciborski, Stanisław Sołtyk, Ignacy Potocki, Erazm Mycielski. Ze spiskiem lwowskim związane było utworzone w Warszawie Centralne Towarzystwo Patriotyczne do Wskrzeszenia Wolnej Republiki Polskiej. Organizacja ta próbowała scalić miejscowe, radykalne grupy patriotyczne, nawiązała kontakty z Deputacją w Paryżu oraz grupami spiskowymi w Wielkopolsce, a jednym z jej przywódców był Józef Kalasanty Szaniawski. Krótką działalność przerwały aresztowania. Konspiratorzy związani z Centralizacją Lwowską utrzymywali kontakt z zebraną na terenie tureckiej Mołdawii grupą około tysiąca byłych żołnierzy kościuszkowskich pod dowództwem brygadiera Joachima Deniski. Grupa oficerów z tej formacji uchwaliła w Filipowcach na Wołoszczyźnie Akt powstania narodowego, zapowiadając w nim zniesienie stanów, równość i wolność oraz utworzenie przy Denisce Zgromadzenia Narodowego. Emisariusze wysyłani na teren zaboru rosyjskiego i austriackiej Galicji głosili hasło: Kto kocha ojczyznę, niech idzie na Wołoszczyznę. W czerwcu 1797r. Denisko przekroczył na czele małych oddziałów (w sumie około 200 ludzi) od strony tureckiej granicę austriacką w obwodzie zaleszczyckim i na Bukowinie chcąc wywołać powstanie w Galicji. Poniósł jednak pod Dobronowcami klęskę w starciu z Austriakami i zwołanym przez starostę bukowińskiego pospolitym ruszeniem chłopskim. Polacy stracili kilkudziesięciu zabitych i rannych; 11 dostało się do niewoli, a 8 z nich Austriacy powiesili 10 lipca na mocy wyroku doraźnego sądu wojskowego (były to pierwsze ofiary walki narodowowyzwoleńczej w kraju po rozbiorach). Wdrożone śledztwo doprowadziło do aresztowań we wszystkich trzech zaborach.
W tym samym czasie wykryto też spisek Godfryda Bartholdiego w Gdańsku oraz geometry Franciszka Gorzkowskiego, zawiązany w 1796 r. w majątku Cisie na Podlasiu. Bartholdi, 19-letni uczeń gimnazjalny, gorący republikanin i wielbiciel rewolucji francuskiej, kierował nielicznym i słabo przygotowanym spiskiem zawiązanym w Gdańsku w kręgach młodzieży szkolnej, czeladzi kupieckiej i rzemieślniczej, którego celem było wywołanie powstania przeciwko Prusom. Aresztowania uprzedziły wybuch, a sam Bartholdi skazany na dożywocie, zwolniony po pięciu latach, uciekł do wojska francuskiego.
W 1798 r. w Warszawie zaprzysiężono Towarzystwo Republikanów Polskich, tajną organizację demokratyczno-niepodległościową działającą głównie w zaborze pruskim i Galicji. Dążyła ona do odbudowy państwa o ustroju republikańskim, zapowiadała zniesienie przywilejów stanowych. W swych działaniach liczyła na pomoc Francji, współdziałała z paryską Deputacją, pozyskała do współpracy T. Kościuszkę. Towarzystwem kierował „Dozór Główny”, a czołowymi działaczami byli: Erazm Mycielski, Alojzy Orchowski, Antoni Krieger, Andrzej Dumański (Horodyski), Karol Eisbach. Po 1801 r. działalność organizacji zamarła. Nadzieje na odzyskanie niepodległości odżyją dopiero wraz ze zbliżającymi się wojskami napoleońskimi.
W następstwie klęski powstania kościuszkowskiego i ostatecznego upadku państwa wielu Polaków opuściło kraj. Większość patriotycznej emigracji, licząc na pomoc walczącej z zaborcami rewolucyjnej Francji, znalazła się w Paryżu. Podejmowano tam szereg działań mających doprowadzić do odzyskania niepodległości zarówno w drodze układów dyplomatycznych Francji z którymś z zaborców, jak i poprzez włączenie do walki o wolność szerokich rzesz ludu. Już w 1794 r. w Paryżu działało przedstawicielstwo polskie kierowane przez umiarkowanego w swych poglądach agenta kościuszkowskiego, Franciszka Barssa. Po upadku insurekcji pojawiła się we Francji grupa radykalniejszej emigracji. Różnice poglądów nie przeszkodziły początkowo w powołaniu wspólnej reprezentacji politycznej (Deputacji Polskiej), skupiającej byłych działaczy powstania 1794 r. dążących do odzyskania niepodległości z pomocą republiki francuskiej.